¿Qué es un archivo PDB y cómo abrir uno?

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archivo PDB

Un archivo con la extensión de archivo PDB es probablemente un archivo creado en el formato de base de datos de programa que se utiliza para almacenar información de depuración sobre un programa o módulo, como un archivo DLL o EXE. A veces se les llama archivos de símbolos.

Los archivos PDB asignan varios componentes y sentencias en un código fuente a su producto compilado final, que el depurador puede utilizar para encontrar el archivo fuente y la ubicación en el ejecutable en la que debe detener el proceso de depuración.

Algunos archivos del AP podrían estar en el formato de archivo del Banco de Datos de Proteínas. Estos archivos PDB son archivos de texto plano que almacenan coordenadas relativas a las estructuras de las proteínas.

Otros archivos PDB se crean probablemente en el formato de archivo Palm Database o PalmDOC y se utilizan con el sistema operativo móvil PalmOS. Algunos archivos en este formato utilizan la extensión.PRC en su lugar.

Cómo abrir un archivo PDB

Los diferentes programas utilizan su propio archivo PDB para almacenar datos en algún tipo de formato de base de datos estructurada, por lo que cada aplicación se utiliza para abrir su propio tipo de archivo PDB. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio y Pegasus son sólo algunos ejemplos de programas que pueden utilizar un archivo PDB como archivo de base de datos. Radare y PDBparse también podrían servir para abrir archivos PDB.

Algunos archivos PDB se almacenan como texto plano, como los archivos de la base de datos de depuración de programas de Geneious, y son completamente legibles por el ser humano si se abren en un editor de texto. Puede abrir este tipo de archivo PDB con cualquier programa que pueda leer documentos de texto, como el programa de Bloc de notas incorporado en Windows. Algunos otros visores y editores de archivos PDB incluyen Notepad++ y Brackets.

Otros archivos de la base de datos PDB no son documentos de texto y sólo son útiles cuando se abren con el programa al que están destinados. Por ejemplo, si su archivo PDB está relacionado de alguna manera con Quicken, intente usar ese software para ver o editar el archivo PDB. Visual Studio espera ver un archivo PDB en la misma carpeta que el archivo DLL o EXE.

Puede ver y editar archivos PDB que son archivos del Banco de Datos de Proteínas, en Windows, Linux y macOS con Avogadro. Jmol, RasMol, QuickPDB y USCF Chimera también pueden abrir un archivo PDB. Dado que estos archivos son de texto plano, también puede abrir el archivo PDB en un editor de texto.

Palm Desktop debería ser capaz de abrir archivos PDB que estén en el formato de archivo de la base de datos de Palm, pero puede que tenga que renombrarlo primero para que tenga la extensión de archivo.PRC para que ese programa lo reconozca. Para abrir un archivo PDB de PalmDOC, pruebe STDU Viewer.

Cómo convertir un archivo PDB

Es muy probable que los archivos de la base de datos del programa no se puedan convertir a un formato de archivo diferente, al menos no con una herramienta de conversión de archivos normal. En cambio, si hay alguna herramienta que pueda convertir este tipo de archivo PDB, sería el mismo programa que puede abrirlo.

Por ejemplo, si necesita convertir su archivo de base de datos PDB de Quicken, intente usar ese programa para hacerlo. Este tipo de conversión, sin embargo, probablemente no sólo sea poco útil, sino que tampoco es compatible con estas aplicaciones de base de datos (es decir, es probable que no sea necesario convertir este tipo de archivo PDB a ningún otro formato).

Los archivos del banco de datos de proteínas se pueden convertir a otros formatos con MeshLab. Para ello, es posible que tenga que convertir primero el archivo PDB a WRL con PyMOL desde el menú File> Save Image As> VRML y, a continuación, importar el archivo WRL en MeshLab y utilizar el menú File> Export Mesh As para convertir finalmente el archivo PDB a STL u otro formato de archivo.

Si no necesita que el modelo esté en color, puede exportar el archivo PDB directamente a STL con USCF Chimera (el enlace de descarga está arriba). De lo contrario, puede utilizar el mismo método que el anterior (con MeshLab) para convertir PDB a WRL con USCF Chimera y luego exportar el archivo WRL a STL con MeshLab.

Para convertir PDB a PDF o EPUB, si tiene un archivo PalmDOC, es posible de varias maneras, pero la más fácil es probablemente utilizar un conversor PDB en línea como Zamzar. Puede subir su archivo PDB a ese sitio web para tener la opción de convertirlo a esos formatos, así como a AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT y otros formatos de archivo de libros electrónicos.

Para convertir el archivo PDB al formato FASTA se puede hacer con el conversor PDB en línea de Meiler Lab a FASTA.

También es posible convertir PDB a CIF (Crystallographic Information format) en línea utilizando PDBx/mmCIF.

Lectura avanzada en archivos PDB

Puede leer mucho más sobre los archivos de base de datos de programas de Microsoft, GitHub y Wintellect.

También hay más información sobre los archivos del Banco de Datos de Proteínas; vea Banco de Datos Mundial de Proteínas y RCSB PDB.

¿Todavía no se está abriendo su archivo?

Los archivos PDB que no se abren con ninguna de las herramientas de arriba, probablemente no son realmente archivos PDB. Lo que podría estar sucediendo es que está malinterpretando la extensión del archivo; algunos formatos de archivo usan un sufijo que se parece mucho al “.PDB” cuando en realidad no están relacionados y no funcionan de la misma manera.

Por ejemplo, un archivo PDF es un archivo de documento, pero la mayoría de los programas de arriba no mostrarán correctamente el texto y/o las imágenes si intenta abrir uno con estos programas de software. Lo mismo ocurre con otros archivos con extensiones de archivo de ortografía similar, como los archivos PD, PDE, PDC y PDO.

PBD es otro que pertenece al programa EaseUS Todo Backup y por lo tanto sólo es útil cuando se abre con ese software.

Si no tiene un archivo PDB, busque la extensión de archivo que tiene su archivo para encontrar el programa adecuado que lo abra o lo convierta.

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